Son emplacement était stratégique pour être vu par tous ceux qui sortaient de la basilique. Ceux qui empruntaient la route principale passaient sous la mosaïque Navicella tandis que les autres la voyaient de l'autre côté de la cour. Initialement, l'œuvre se trouvait sur la tour Santa Maria, qui était une importante chapelle. Malheureusement, la mosaïque a subi des destructions aux XVIe et XVIIe siècles.

L'édifice de Constantin a été rasé avant la construction de la nouvelle basilique Saint-Pierre. Cependant, ce n'était pas la fin de la route pour la mosaïque. Le chef-d'œuvre de Giotto a été reconstruit et une copie de la mosaïque est toujours suspendue au-dessus de l'entrée centrale de l'église, bien qu'il ne s'agisse que d'un fragment de l'original.

Navicella signifie petit bateau et l'œuvre représente une scène de Pierre marchant sur l'eau selon l'évangile de saint Matthieu. La Navicella a été mise en place avec une toile de fond d'eaux de mer orageuses avec les apôtres vaincus par les vagues. Les parties supérieures droite et gauche de la mosaïque illustrent les vents violents représentés par les dieux du vent. La Déposition de croix.

Le bateau navigue à soufflet en raison du vent fort. Vers l'avant-plan, on peut voir le Christ inébranlable par la tempête et qui reste debout. Giotto dépeint les apôtres comme terrifiés par le déroulement de la scène. Pierre s'enfonce lentement et se tourne vers Jésus pour obtenir du soutien. Au premier plan, Giotto comprenait un homme qui pêchait, ce que Vasari prétendait être un autoportrait de Giotto. Cependant, le pêcheur montre la mission des apôtres de sortir et de faire des disciples.

L'œuvre comportait également un portrait du cardinal Jacopo Stefaneschi (un acte de gratitude pour la commande de l'œuvre) et une inscription du verset de Mathew. La mosaïque Navicella a été une icône de la foi dans l'église vue par la congrégation à sa sortie de l'église. Navicella était une œuvre d'art rectangulaire géante, visible de loin. Il a été mesuré à 13,5 par 9,5 mètres sur une surface ininterrompue.

Les gens ont été impressionnés par la représentation précise du paysage marin et l'effet dramatique de la tempête imminente. La luminosité de la mosaïque a provoqué une réaction des fidèles. Tout au long de l'histoire, le chef-d'œuvre a été détruit. Le mouvement a entraîné des pertes importantes et la démolition de l'église a eu des effets néfastes sur la Navicella d'origine.

Au début, l'inscription a disparu, et en raison des intempéries et des démolitions qui en ont résulté, seules deux pièces du chef-d'œuvre original ont survécu. Les fragments étaient deux figures d'anges. L'un se trouve au Vatican tandis que l'autre a été déplacé à l'église Saint-Pierre de Boville Ernica. Les pièces ont été restaurées en peinture et accrochées à l'intérieur de l'église pour la protéger des intempéries.