On pense que la chapelle de la Madeleine est le point de départ du travail de Giotto dans d'autres domaines de l'église inférieure. Giotto et ses assistants ont été embauchés pour redécorer le transept de la voûte positionnée sur le côté droit.

Le Massacre des Innocents de Giotto a été inspiré par l'incident du Nouveau Testament quand Hérode a ordonné l'exécution de tous les enfants mâles de deux ans et moins dans la région de Bethléem. Les visages des mères dans le tableau sont impassibles et atténués en raison de la perte de leurs enfants, qui gisent sans vie en dessous d'eux. Un soldat et l'une des mères se livrent à un bras de fer alors que le soldat veut prendre un autre enfant et l'ajouter à la pile sans vie.

Il y a aussi un deuxième soldat du côté droit de cette mère qui emmène un autre enfant. La moitié de la tête de l'enfant est cachée derrière le corps du soldat. Même avec le massacre brutal qui se poursuit, les autres mères sont vaincues et ont un visage engourdi et inexpressif.

Vers 1311, Giotto décide de peindre une autre fresque représentant la même scène de massacre brutal, presque identique en ce qui concerne l'organisation. Cependant, les mères du tableau sont représentées différemment, avec leurs émotions clairement exprimées dans leurs visages angoissés.

Bien qu'il n'y ait pas de documents du XIVe siècle expliquant pourquoi l'artiste a fait cela, certaines personnes pensent que Giotto a peut-être choisi de peindre une autre fresque après avoir été critiqué par des mécènes, des prêtres, d'autres artistes ou ses assistants qui lui ont dit que la représentation initiale était fausse ou irréaliste.

Il est également possible que Giotto ait décidé de peindre la scène d'une manière différente, ayant choisi intentionnellement de peindre cette scène initialement avec des mères souffrantes engourdies qui ne montrent pas d'émotion et la deuxième fois, il décide de dépeindre les mères dans l'angoisse et clairement désemparées.

Dans cette peinture, Giotto a utilisé des couleurs vives et vibrantes telles que le bronze et l'or pour attirer l'attention du spectateur. L'arrière-plan et les paysages de la peinture sont utilisés pour capturer les émotions du spectateur. Les visages des personnages du tableau attirent également l'attention des spectateurs car ils montrent leur émotion.

La coiffure et les vêtements des personnages du tableau correspondent à la période du tableau.

Cette technique de peinture murale était exécutée sur de la chaux humide ou du plâtre fraîchement recouvert. L'eau a été utilisée comme moyen pour que la peinture en poudre sèche fusionne avec le plâtre. Giotto a eu une forte influence sur le développement de l'art en Italie. De nombreux peintres italiens ont été influencés par le travail de Giotto, notamment Altichiero, Giusto de 'Menabuoi et Jacopo Avanzi.