Seine Lage war strategisch günstig, um von allen gesehen zu werden, die die Basilika verließen. Diejenigen, die den Hauptweg benutzten, gingen unter dem Navicella-Mosaik hindurch, während die anderen es auf der anderen Seite des Hofes sahen. Ursprünglich befand sich das Kunstwerk auf dem Turm Santa Maria, der eine wichtige Kapelle war. Leider wurde das Mosaik im 16. und 17. Jahrhundert zerstört. Konstantins Gebäude wurde vor dem Bau des neuen Petersdoms dem Erdboden gleichgemacht. Das war jedoch noch nicht das Ende des Weges für das Mosaik. Giottos Meisterwerk wurde rekonstruiert, und eine Kopie des Mosaiks hängt immer noch über dem zentralen Eingang der Kirche, obwohl es nur ein Fragment des Originals ist.

Navicella bedeutet kleines Schiff und das Kunstwerk zeigt eine Szene von Petrus, der gemäß dem Matthäus-Evangelium auf dem Wasser geht. Die Navicella wurde vor dem Hintergrund stürmischer Meeresgewässer aufgestellt, während die Apostel von Wellen überwältigt wurden. Die obere rechte und linke Seite des Mosaiks veranschaulichen die starken Winde, die von den Windgöttern dargestellt werden. Das Boot segelt wegen des starken Windes. Im Vordergrund sieht man Christus, der vom Sturm nicht erschüttert wurde und aufrecht bleibt. Giotto zeigt die Apostel als verängstigt über die Entwicklung der Szene. Petrus sinkt langsam und sucht Halt bei Jesus. Im Vordergrund zeigte Giotto einen Mann, der fischte, was von Vasari als Selbstporträt von Giotto bezeichnet wurde. Der Fischer zeigt jedoch die Mission der Apostel, hinauszugehen und Jünger zu machen.

Das Kunstwerk hatte auch ein Porträt von Kardinal Jacopo Stefaneschi (ein Zeichen der Dankbarkeit für die Beauftragung der Arbeit) und eine Inschrift des Verses von Mathew. Das Navicella-Mosaik war eine Ikone des Glaubens in der Kirche, die von der Gemeinde beim Verlassen der Kirche betrachtet wurde. Navicella war ein riesiges rechteckiges Kunstwerk, das aus der Ferne zu sehen war. Es wurde bei 13,5 mal 9,5 Metern auf einer ununterbrochenen Oberfläche gemessen. Die Leute waren beeindruckt von der genauen Darstellung der Meereslandschaft und der dramatischen Wirkung des aufziehenden Sturms. Die Helligkeit des Mosaiks löste bei den Gemeindemitgliedern eine Reaktion aus. Im Laufe der Geschichte wurde das Meisterwerk zerstört. Die Bewegung führte zu erheblichen Verlusten, und der Abriss der Kirche hatte negative Auswirkungen auf die ursprüngliche Navicella.

Zunächst verschwand die Inschrift, und aufgrund des Wetters und der daraus resultierenden Zerstörungen blieben nur zwei Teile des ursprünglichen Meisterwerks erhalten. Die Fragmente waren zwei Engelsfiguren. Einer befindet sich im Vatikan, während der andere in die Peterskirche in Boville Ernica verlegt wurde. Die Stücke wurden in Farbe restauriert und hängen in der Kirche, um sie vor Witterungseinflüssen zu schützen.